Rudolf II. Habsburský, římský císař a český a uherský král, přichází na svět jako syn císaře Maxmilliána II. (viz Maxmilián II. Habsburský) a Marie Španělské 18. července roku 1552 ve Vídni, kde pak žije do svých jedenácti let – mezi roky 1563 a 1571 je pak se svým bratrem Arnoštem vychováván na dvoře svého strýce, španělského krále Filipa II.
Po návratu ze Španělska Rudolfovi otec zajišťuje jako svému následníkovi (je jeho nejstarším synem) nástupnictví na trůnech v jednotlivých zemích habsburské monarchie a v Římsko-německé říši – dne 25. září roku 1572 je v Prešpurku (dnešní Bratislavě) korunován králem uherským, 22. září roku 1575 následuje pak jeho korunovace králem českým v Praze. V roce 1575 je Rudolf II. též zvolen (27. října) a korunován (1. prosince) i římským králem.
Samostatné vlády se Rudolf II. Habsburský ujímá v říjnu roku 1576 po smrti svého otce, po kterém též přijímá císařskou hodnost.
Během prvních let své vlády si Rudolf II. velmi oblíbí Prahu, kde často pobývá a kde poté, co podnikne nezbytné stavební úpravy Pražského hradu, zůstává nastálo – roku 1583 přenáší císař Rudolf II. své sídlo definitivně do Prahy. Důvody jeho stěhování jsou nejspíše dva – za prvé, Rudolf vždy povžoval České království za nejpevnější základnu svého politického postavení, a za druhé, poloha Prahy, která se narozdíl od Vídně nikdy nedostala do přímého ohrožení Turky, skýtala dobré východisko pro říšskou politiku.
Během Rudolfova panování město vzkvétá, stane se centrem evropské politiky a významným střediskem vědeckého(v Praze pobývá např. Tycho Brahe (viz Tycho Brahe), Johann Kepler (viz Kepler, Johann) a mnozí slavní alychymisté apod.) a uměleckého života – Rudolf je vášnivý sběratel uměleckých artefaktů, jeho „kunstkomora“ patří ve své době k nejvýznamnějším sbírkovým kolekcím uměleckých předmětů a různých pozoruhodností.
Vláda Rudolfa II. je přitom poznamenána do jisté míry i jeho duševní chorobou, chorobou, která je podle mínění dnešních lékařů nejspíše kombinací maniodepresivní psychózy (či lépe a moderněji bipolární afektivní poruchy) a progresivní paralýzy, důsledkem to luetické nákazy – první příznaky duševní choroby se u císaře Rudolfa začínají objevovat někdy na počátku osmdesátých let 16. století, jde především o opakující se stavy deprese a apatie.
Další prudký atak Rudolfova duševního onemocnění pak přichází v roce 1598 a s přelomem století je Rudolf díky svých duševním potížím v krizi – stavy deprese a mánie se střídají se záchvaty zuřivosti.
V této době začínají císaře politicky odepisovat i nejbližší příbuzní, což jeho duševní stav ještě více zhoršuje – začíná u něj propukat stihomam, zvláštní obavy má přitom z mocenských ambicí svého bratra Matyáše, který jej později skutečně v čele monarchie i na císařském trůnu vystřídá.
Rudolfův duševní stav patrně ovlivňuje i jeho osobní život – císař se nikdy neožení, svatba je jedno z témat, které dokáží výrazně narušit jeho duševní rovnováhu, svatba jeho „věčné“ snoubenky infantky Kláry Evženie s bratrem Albrechtem v roce 1599, po níž se nervově zhroutí, je toho příkladem.
Rudolf raději ve styku s ženami preferuje krátkodobé sexuální vztahy, výjimku tvoří jeho dlouholeté soužití s konkubínou Kateřinou Stradovou. Se svými milenkami má císař asi šest nebo sedm nemanželských dětí, o jejichž životě není známo téměř nic. Nejznámějším z těchto levobočků je jeho duševně nemocný syn Julius Cesar d´Austria.
Vliv duševní choroby na politické aktivity Rudolfa II. Hasburského je nesporný, často však bývá přeceňován – Rudolf není rozhodně pouhým „šílencem na trůně“, po většinu vlády si uchovává politickou aktivitu a schopnost rozhodnout se, vyřešit politické úkoly – duševní choroba začíná jeho vládu jako takovou ovlivňovat až v posledních létech jeho života.
Tak se stane, že v roce 1606, kdy propuká další z mnoha recidiv Rudolfova onemocnění, habsburští arcivévodové na tajné schůzce ve Vídni uznají za hlavu rodu a nástupce v čele monarchie arciknížete Matyáše – Rudolf se ale o schůzce brzy dozví, a to jen posílí jeho nenávist k bratrovi.
V roce 1608, v květnu, roztržka mezi bratry vyvrcholí – Matyáš, podporovaný uherskými, rakouskými a moravskými stavy si vojenským tažením ku Praze vynucuje vládu nad Rakousy, Uhrami a Moravou, Rudolfovi zůstávají pouze české země a titul římského císaře.
O rok později pak přichází památný okamžik – císař Rudolf II. vydává (pod nátlakem českých stavů, kteří jeho souhlasem podmiňují svoji další politickou podporu) svůj proslulý „Majestát“, který zaručuje v českých zemích náboženskou svobodu.
O dva roky později, v době, kdy lze již hovořit o faktickém rozkladu Rudolfovy osobnosti, se císař pokusí naposledy obnovit svoji, nyní značně okleštěnou, moc a se svým bratrancem, pasovským biskupem arciknížetem Leopoldem, se vydává na riskantní vojenské tažení: na počátku roku 1611 vpadne pasovské vojsko do Čech, aby donutilo české stavy i nenáviděného Matyáše k poslušnosti. Pasovští se zmocní postupně jižních Čech a poté obsadí levobřežní část Prahy, tedy Hradčany a Malou Stranu – tím však celá akce s nezdarem končí.
Rudolf je po tomto dobrodružném pokusu o znovunabytí své moci donucen, v dubnu roku 1611, abdikovat na český trůn a o devět měsíců později, 20. ledna roku 1612, v Praze, na Pražském hradě umírá.
Pohřben je císař Rudolf II. Habsburský v královské hrobce ve Svatovítské (viz sv. Vít) katedrále…