Po zdravotní stránce na tom nebyl dobře vlastně nikdy. Už v roce 1936, kdy byl v úřadě československého prezidenta pouhý rok, přinesla zahraniční média zprávu (později dementovanou), že prezident Beneš trpí závažnou srdeční vadou. Velké zdravotní problémy jej pak provázely po celou dobu pobytu v Londýně, kde působil coby předseda československé exilové vlády v době druhé světové války.
Po návratu do osvobozeného Československa propukla u Edvarda Beneše Ménierova choroba – prezident trpěl silnými migrénami, závratěmi, omdléval, měl poruchy řeči. Jeho obtíže se pak stupňovaly v souvislosti s tím, jak rostla politická moc vůdce komunistické strany Klementa Gottwalda.
V únoru 1948 pak těžce nemocný Edvard Beneš pomohl (nechtěně, samozřejmě) komunistům k moci, když přijal demisi nekomunistických ministrů československé vlády a pověřením vlády nové pověřil Klementa Gottwalda – komunistická diktatura měla volnou cestu v vládě nad Československem.
V dalších měsících byl komunistům Beneš poslední (slabou) překážkou – prezidentský post si pro sebe osoboval Gottwald. Dočkal se brzy. V květnu se Edvard Beneš naposledy vzepřel, když odmítl podepsat novou československou ústavu (posvěcující de facto totalitní komunistický režim), o měsíc později pak Beneš abdikoval.
Svůj život dožil v Sezimově Ústí, kde ve svých čtyřiašedesáti letech 3. září 1948 v půl sedmé večer ve spánku zemřel. Za hlavní příčinu smrti byly uvedeny aterosklerotické změny na exprezidentově srdci a aortě.
8. září vystrojil komunistický režim Edvardu Benešovi státní pohřeb. Bohužel, jen málo z jeho obdivovatelů se mohlo zúčastnit. Komunisté se obávali demonstrací, Prahu hlídalo několik tisíc příslušníků Lidových milicí. Přesto došlo k nepokojům a zatýkání. Beneš měl být na dalších 40 let zapomenut.